Le torri furono costruite intorno alla seconda metà del 1500 e sorsero in posizioni emergenti, altamente panoramiche con il preciso scopo di avvistare e segnalare l’arrivo dei Turchi, che costituivano una continua minaccia saccheggiando e depredando il territorio. Queste, di forma troncopiramidale, hanno l’accesso rivolto a monte e le uniche finestre-feritoie esistenti occupano le pareti poste in direzione costa-costa; da esse era possibile segnalare… “con il fumo e con il fuoco, rispettivamente di giorno e di notte, o acusticamente con l’uso di campane e di corni, o per mezzo di uomini a cavallo…” ai centri vicini l’arrivo del nemico e preparare i necessari piani di attacco. Molto evidente è la relazione visiva che lega le singole torri, tesa a sottolineare la realizzazione del piano di Carlo V e Don Pedro da Toledo, a difesa del territorio portato a compimento nel 1748, quando le torri del Regno di Napoli diventarono 379.
Le risorse del territorio furono danneggiate dalle incursioni piratesche e aggravate dalle carestie, dalla peste e dai continui terremoti. L’attività della pastorizia, praticata con più successo, data la natura del terreno, venne messa in serio pericolo quando la Regia Corte assoggettò i due demani di Peschici e di Ischitella al regime della Regia Dogana della mena delle pecore di Puglia e assegnata alla locazione di Candelaro. La Dogana era un istituto sorto in epoca aragonese per volere di Re Alfonso I che, nell’intento di organizzare a beneficio delle entrate fiscali l’antica pratica della transumanza, obbligava i pastori del regno a calare ogni anno con le loro greggi in Puglia e soprattutto nei territori del Tavoliere a titolo oneroso. Il territorio di Peschici per le accresciute esigenze della pastorizia transumante venne assegnato come “ristoro” ai locati, cioè i pastori per lo più abruzzesi i quali pascevano le loro pecore promiscuamene con gli animali dei cittadini del luogo. Costoro non gradirono affatto la nuova situazione lamentando che il demanio era di “pochissima capacità, petroso, macchioso e molto sterile d’herba” e affermavano che “a pena vi capeno la mità de li animali che sipossedono da li cittadini”. la Regia Camera della Sommaria, alla quale il reclamo era indirizzato, nel 1551 emanò un decreto che regolava l’accesso degli animali dei locali in non più di cinque morre, corrispondente a circa a 1200 pecore. Ma la situazione già critica venne aggravata dallo stesso signore feudale di Peschici, il Barone Giovanni Battista Turbolo, che introdusse nel demanio un numero maggiore di animali. Alle proteste dei cittadini affermò che come locato della Dogana aveva diritto alla introduzione delle sue greggi nella quantità indicata nel decreto del 1551 mentre il numero eccedente gli era consentito per essere proprietario del luogo.
Questi e altri provvedimenti non tutelavano gli interessi degli allevatori, dei contadini e dei pescatori e minarono gravemente l’economia del luogo. Il territorio da seminare era così scarso che spesso la popolazione ricorreva all’espediente di bruciare i boschi che sorgevano nelle vicinanze nell’intento di ricavarne superfici atte alla coltivazione. Nel 1791 venne pubblicato un “real resritto” per le terre di Peschici e di Ischitella che vietava la semina dei territori che prima erano ricoperti di alberi allo scopo sia di evitare eventuali frane e smottamenti sia principalmente per scoraggiare un ulteriore depauperamento del patrimonio boschivo. Il Principe di Ischitella e di Peschici appartenente alla famiglia Pinto, tutelando i propri interessi in quanto proprietario di vaste zone, sia ponendosi portavoce della popolazione che dell’esecuzione del nuovo decreto si sarebbe vista ulteriormente privare dei già scarsi mezzi di sostentamento, presentò una supplica al Re in cui chiedeva di poter almeno continuare a seminare quei territori che pur essendo nel passato boscosi tuttavia da molti anni ormai venivano coltivati. Dopo le perizie di due esperti di campagna i quali avrebbero dovuto accertarsi se i territori disboscati erano in luoghi piani o montuosi e se erano già seminati prima del divieto, il Supremo Consiglio delle Reali Finanze si pronunciò il 29 novembre del 1791 a favore della semina nei soli territori che fossero stati coltivati prima del divieto, purchè fossero in zona piana e non montuosa. Peschici, sebbene fosse isolata per la mancanza di una adeguata rete viaria e le notizie tra censure e insufficenza dei canali d’informazione, arrivassero con gravi ritardi, pur tuttavia partecipò al clima risorgimentale che investì il resto della penisola. Insieme al comune di Manfredonia fu fra i primi paesi del gargano a manifestare la propria adesione al regime costituzionale del 1848 e fu rappresentata dal deputato Giuseppe Libetta nel Parlamento di Napoli.
Dopo l’Unità d’Italia, fu ifestata, come del resto ogni altra zona garganica dall’infausto fenomeno del brigantaggio, formato dalle compagnie di sbandati che commettevano ogni sorta di ruberia e di soprusi.